Les ESOD étaient autrefois appelés « nuisibles », mais cette dénomination – qui ne repose sur rien de scientifique – a été supprimée de la réglementation.

Pour autant, les ESOD ne doivent pas être confondues avec les « organismes nuisibles aux végétaux » qui sont surtout des insectes, des champignons et des bactéries présentant des risques pour les cultures. La liste est fixée par le ministère de l’agriculture.

Les ESOD ne doivent pas non plus être confondues avec les espèces exotiques envahissantes (EEE), des plantes ou des animaux introduits par l’homme qui peuvent avoir des impacts négatifs sur la biodiversité, les activités humaines ou la santé. Les ESOD du groupe 1 sont aussi des EEE, tandis que celles des groupes 2 et 3 sont des espèces indigènes, naturellement présentes en France.